Dans sa version papier initiale, l’atlas était constitué de quatre tomes, un par département : Doubs, Jura, Haute-Saône, Territoire de Belfort. Chacun d’eux comporte une partie commune, qui est répétée pour donner indépendamment toutes les clés utiles au lecteur, et une partie spécifique propre au département concerné. Conclusion et annexes diverses sont également communes à la fin de chaque tome.
Le laboratoire THEMA de l’université de Franche-Comté, impliqué dans la maitrise d’œuvre de l’Atlas des paysages de Franche-Comté, en propose une version en ligne.
Navigable depuis Corre dans la partie amont de son cours en Haute-Saône, la Saône devient en aval de Port-sur-Saône, une rivière importante qui s'inscrit, par de nombreux méandres dans une vallée épanouie. Au cours de son histoire, la ville de Gray a dû une grande partie de sa fortune à sa fonction portuaire. Le tracé sinueux de la Saône fait alterner des rives convexes, ou l'érosion a déterminé par sapement des versants redressés, et des rives concaves ou le flux de la rivière a abandonné des alluvions formant terrasses. Les villages se sont installés soit au sommet des rives concaves (soing, Traves), soit en retrait dans le lobe des méandres, hors d'atteinte des crues (Chantes, Ovanches). La plaine alluviale, en général propice aux cultures, laisse le regard filer dans l'axe de la vallée sur un paysage ouvert. Cependant, quelques bosquets qui occupent des bas fonds plus humides crééent de loin en loin des éléments de rupture visuelle dans le paysage.
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