Dans sa version papier initiale, l’atlas était constitué de quatre tomes, un par département : Doubs, Jura, Haute-Saône, Territoire de Belfort. Chacun d’eux comporte une partie commune, qui est répétée pour donner indépendamment toutes les clés utiles au lecteur, et une partie spécifique propre au département concerné. Conclusion et annexes diverses sont également communes à la fin de chaque tome.
Le laboratoire THEMA de l’université de Franche-Comté, impliqué dans la maitrise d’œuvre de l’Atlas des paysages de Franche-Comté, en propose une version en ligne.
Cette partie comtoise des Vosges, malgré sa taille réduite, n'en comporte pas moins tous les trats d'une montagne ancienne rajeunie. A l'est, les vallées de l'Ognon et du Rahinont été façonnées par les glaciers quaternaires dont le profil a conservé la trace. Sur les interfluves se développent de grands versants forestiers, raides mais réguliers qui se recoupent par des crêtes adoucies réhaussées par des "ballons" typiques. Les activités traditionnelles agricoles et industrielles ne suffisent plus à entretenir l'équilibre ancien d'un paysage que la forêt tend à investir complètement. Vers l'ouest, la région des Mille-Etangs offre une physionomie différente dans la mesure où il s'agit d'un grand glacis incliné vers le sud que les glaces ont autrefois submergé indistinctement pour laisser place à un paysage de forêt, d'étangs et de tourbières. Ce paysage rappelle ceux du Grand Nord et notamment celui de la Finlande tant par son histoire que par son aspect présent.
La haute vallée de l'Ognon |
La vallée du Breuchin |
La vallée du Rahin |
Le massif de Saint-Antoine |
Le plateau de Saint-Bresson |
Le plateau des mille étangs nord |
Le plateau des mille étangs sud |
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