Dans sa version papier initiale, l’atlas était constitué de quatre tomes, un par département : Doubs, Jura, Haute-Saône, Territoire de Belfort. Chacun d’eux comporte une partie commune, qui est répétée pour donner indépendamment toutes les clés utiles au lecteur, et une partie spécifique propre au département concerné. Conclusion et annexes diverses sont également communes à la fin de chaque tome.
Le laboratoire THEMA de l’université de Franche-Comté, impliqué dans la maitrise d’œuvre de l’Atlas des paysages de Franche-Comté, en propose une version en ligne.
Ce type de dépression est caractéristique des bordures de massifs anciens. Ces formes s'installent là ou les roches du socle laissent place aux couches sédimentaires périphériques plus récentes. les eaux souterraines qui circulent le long de cette zone de contact se chargent de minéraux ; leurs qualités thermales sont souvent intéressantes et expliquent l'installation de la ville de cure de Luxeuil avec son paysage urbain caractéristique. En d'autres endroits comme à Ronchamp, le sous-sol renferme du charbon qui a fixé en son temps une activité minière encore lisible dans le paysage. Sur cette bordure sud des Vosges la dépression ne s'inscrit pas en auréole régulière mais elle est fragmentée en plusieurs bassins mal reliés entre eux (Saint-Loup, Luxeuil, Champagney. Les rivières qui descendent des Vosges ont réaménagé la topographie des bassins en y laissant des dépots d'origines et de calibres variés. A cet égard, les glaciers qui ont couvert autrefois les Vosges ont fourni aux rivières des débris en abondance. Les étangs résiduels qui subsistent en grand nombre confèrent une marque distinctive aux paysages de la dépression sous-vosgienne.
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