[...] Situé au contact du Jura Tabulaire et du Jura Plissé, Pontarlier s’est développé en partie sur un ancien cône d’épandage torrentiel étalé en éventail, façonné au débouché de la montagne par les eaux de fonte des anciens glaciers.
La ville, à 837 m d’altitude, est encadrée au sud et à l’est par des reliefs vigoureux, supérieurs à 1000 m, en particulier la Montagne du Larmont qui culmine à plus de 1320 m au Grand Taureau et accueille toujours les troupeaux sur ses pâturages d’été.
La ville a également tiré avantage économiquement de son implantation sur une grande voie de passage naturelle, liée à une faille géologique majeure qui a cisaillé l’ensemble de la chaîne. La route en direction de la Suisse et de l’Italie emprunte l’étroit couloir qui en résulte.
Le Doubs termine son cheminement animé dans la Montagne Plissée en franchissant une partie de ce couloir, la cluse de Pontarlier dominée par le château de Joux, et traverse endigué la ville en recevant les ruisseaux des vals d’Entreportes et des Etraches, émanant du Larmont. Au sortir de ce parcours urbain, le Doubs est bordé en rive gauche par des gravières regroupées juste avant la confluence entre le Drugeon et le Doubs. Les sites d’extraction de matériaux alluviaux, installés sur Houtaud et Doubs, marquent sans dommage de leurs plans d’eau, structures métalliques et monticules de sables clairs, l’entrée nord de Pontarlier.
Espaces urbanisés
De petite dimension, cette sous-unité s’ouvre sur un large val, la Chaux d’Arlier, dont la planéité, perçue depuis les reliefs environnants, s’étale à perte de vue. Les villages anciens se sont calés au pourtour sur les reliefs délimitants.
Après la seconde guerre mondiale, le développement urbain et socio-économique de Pontarlier est considérable : quartiers de maisons individuelles et de logements collectifs, services administratifs, groupes scolaires…
Une vague plus récente a largement étiré la ville au nord-ouest sur le vaste synclinal ouvert du Drugeon colonisé par les lotissements et les zones d’activités artisanales et commerciales agglutinés aux villages d’Houtaud, de Dommartin et de Doubs. La rocade de contournement, située à l’ouest de la ville, jalonnée par des constructions variées qui profitent de « l’effet vitrine », permet d’apprécier le phénomène.
Des éléments d’architecture remarquables témoignent de la qualité de la ville ancienne, bien qu’éprouvée par de nombreux conflits et incendies. L’église Saint-Bénigne, la chapelle des Annonciades, la porte Saint-Pierre, ainsi que plusieurs bâtisses du XVIIe siècle sont inscrites à l’inventaire des monuments historiques.